清算组织正式成立后，公司即开始进入实质性清算程序。具体包括：
(一)清理公司财产，分别编制资产负债表和财产清单。清算组织要全面清理公司的全部财产，不仅包括固定资产，还要流动资产;不仅包括有形资产，还包括无形资产;不仅包括债权，还包括债务。在清理后，清算组需要编制资产负债表和财产清单，作为下一步工作的基础。
(二)通知、公告债权人并进行债权登记。清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。债权人申报债权，应当说明债权的有关事项，并提供证明材料。清算组应当对债权进行登记。在申报债权期间，清算组不得对债权人进行清偿。为了防止清算组对个别债权人进行优先清偿，新法增加规定了在债权申报期间，清算组不得对债权人进行清偿的法定义务。
(三)提出财产估价和清算方案。清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，提出收取债权和清偿债务的具体安排，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
(四)分配财产。清算的核心任务是分配财产。根据公司法第一百八十七条的规定，财产的分配顺序依次为：(1)支付清算费用;(2)支付职工的工资、社会保险费用和法定补偿金;(3)缴纳所欠税款;(4)清偿公司债务;(5)上述四项款项清偿完毕之后的公司剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。取得公司剩余财产的分配权，是公司股东自益权的一项重要内容，是公司股东的基本权利。在分配方式上可采取货币分配、实物分配或者作价分配等形式，其基本要求是：既要最大限度保护股东的权益，又要体现平等和公平分配的原则。清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未按照上述规定清偿前，不得分配给股东。