2014年3月1日实施的《公司法》相较2006年《公司法》，更加尊重股东意思自治，股东自治的空间进一步扩大。公司法中可由公司章程或者股东自行约定的重要事项相对增多，涉及到公司的权力结构、管理经营模式、分红模式、股东之间的权利义务等。作为“公司宪法”，公司章程对公司的成立及运营具有十分重要的意义，公司股东和发起人在制度章程时，务必考虑周全，通过明确详细的公司章程，就公司经营作出个性化的制度安排。
一、法定代表人
公司法第十三条规定，公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。
按照公司法设定的公司治理架构，董事会是公司经营层面的最高决策机构，董事长（也会称为：总经理）是董事会的组织者、代表人。是公司经营的组织实施者、执行者。
法定代表人是依法对外代表公司的人，其法律意义上的言、行，均可被视为公司的言行。通过印章使用、文件签署控制公司的重大经营活动，对外代表公司开展业务。而对于公司法定代表人的选任，最终公司法放权决定将选择权交给股东。
但是，当总经理为社会招聘的职业经理人时，法定代表人一般不会由总经理担任。当董事长、总经理一方不符合法定代表人的任职条件时只能由另一方担任。
二、对外投资、对外担保
公司法第十六条规定，公司向其他企业投资或者为他人提供担保，依照公司章程的规定，由董事会或者股东会、股东大会决议;公司章程对投资或者担保的总额及单项投资或者担保的数额有限额规定的，不得超过规定的限额。
对外担保，可能使公司因承担或然债务而遭受重大损失。所以公司法将其交由股东自行决定，但要求在公司章程中明确下来。明确的内容包括：是股东们自行决策，还是授权董事会决策;投资或担保的单笔以及总额额度限制等问题。一般由股东自行决定，即由股东会或股东大会决议;当股东对董事会足够信任时，可考虑授权董事会决策。
当公司为公司股东或者实际控制人提供担保时，必须经股东会或者股东大会决议;且前款规定的股东或者受前款规定的实际控制人支配的股东，不得参加前款规定事项的表决;该项表决由出席会议的其他股东所持表决权的过半数通过。
三、股东持股比例可与出资比例不一致
对于这个问题，公司法并未明确规定可由公司章程另行约定，但司法实践已经认可上述约定属于公司股东意思自治的范畴。
在公司注册资本符合法定要求的情况下，各股东的实际出资数额和持有股权比例应属于公司股东意思自治的范畴。股东持有股权的比例一般与其实际出资比例一致，但有限责任公司的全体股东内部也可以约定不按实际出资比例持有股权，这样的约定并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能实现。如该约定是各方当事人的真实意思表示，且没有损害他人的利益，不违反法律和行政法规的规定，应属有效，股东按照约定持有的股权应当受到法律的保护。
四、股东出资时间
公司法第二十五条、二十六条规定，有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东认缴的出资额，股东的出资时间应在公司章程中载明。
目前公司法实行认缴资本制。股东的认缴出资额、出资时间，完全由股东自行约定并在章程中载明。股东按约定时间足额完成出资即可。当约定的出资时间到期，但股东认为需要延期的，可以通过修改公司章程的方式调整出资时间。
到期股东负有向公司缴足当期出资的义务，当该项义务未完成时，公司的债权人可向股东要求履行出资义务，用于偿还公司债务;二是未履行当期出资义务的股东，应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。
五、分红比例、认缴公司新增资本比例可与出资比例不一致
《公司法》第34条：股东按照实缴的出资比例分取红利；公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。
股东在背景、能力、资源、诉求等方面均会有所差异，有的股东并不看重对公司的实际控制，愿意从治理结构上让渡一部分权力，但同时希望在红利分配上做适当倾斜。对此，公司法给出了一个一般规则，即股东按照实缴的出资比例分取红利;但同时充分尊重股东意思自治，允许股东以约定方式改变红利的分配规则，改变后的分配比例、方式没有任何限制，完全由股东商定。
另外关于增资认缴，一般原则是股东有权优先按照实缴的出资比例认缴增资。股东可以通过约定的方式改变此项原则。
六、表决权可与出资比例不一样
《公司法》第42条：股东会会议由股东按照出资比例行使表决权；但是，公司章程另有规定的除外。
七、可通过公司章程限制股权转让时的剩余股东同意权、优先购买权
我们知道，侵害股东优先购买权的股权转让协议的效力是有瑕疵的，公司法之所以对股东对外转让股权设置剩余股东同意权、优先购买权等制度进行限制，主要是基于对有限公司人合性和股权自由转让两种价值理念的平衡。公司法规定，有限责任公司股权转让的场合，允许股东通过公司章程事先自由安排出让股东与剩余股东间二者的利益分配。
《公司法》第71条：有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
八、公司章程可排除股东资格的继承
《公司法》第75条：自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格；但是，公司章程另有规定的除外。
九、全体股东一致同意的，可以书面形式行使股东会职权
《公司法》第37条：股东会行使下列职权： (一)决定公司的经营方针和投资计划；…… (十一)公司章程规定的其他职权。
对前款所列事项股东以书面形式一致表示同意的，可以不召开股东会会议，直接作出决定，并由全体股东在决定文件上签名、盖章。
十、召开股东会会议的通知期限可另行约定
《公司法》第41条第1款：召开股东会会议，应当于会议召开十五日前通知全体股东；但是，公司章程另有规定或者全体股东另有约定的除外。
十一、公司章程对公司董、监、高转让本公司股份的限制可高于公司法
《公司法》第141条第2款：公司董事、监事、高级管理人员应当向公司申报所持有的本公司的股份及其变动情况，在任职期间每年转让的股份不得超过其所持有本公司股份总数的百分之二十五；所持本公司股份自公司股票上市交易之日起一年内不得转让。上述人员离职后半年内，不得转让其所持有的本公司股份。公司章程可以对公司董事、监事、高级管理人员转让其所持有的本公司股份作出其他限制性规定。
这些看似轻描淡写的规则变化，放权、授权，具有重要的实务价值。