公司章程与公司出资协议的不同：
一、公司章程是公司必备文件，而公司出资协议则是任意性文件
《公司法》规定，公司必须要有章程。也就是说一个公司要想成功成立，前提就是要有公司章程。而公司出资协议不是公司成立的必备要件，除了外商投资企业和股份有限公司，法律要求要签订出资协议外。因此在实践中，会出现有的发起人在出资时没有签署公司出资协议，未明确股东之间的权利和义务，其实这样的做法是不利于公司将来的发展的。
二、公司章程与公司出资协议的约束力不同
公司章程的约束力远大于公司出资协议。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员都有约束力。也就是说公司章程的范围涉及到整个公司的管理、公司的一切人员。公司出资协议约束的范围就小的很多，从设立的目的就可以看出，主要约束的是发起人，就是说谁在公司出资协议上签字就约束谁。
三、公司章程与公司出资协议的效力期限不同
公司章程的效力期限是与公司同生共死的，就是说从公司成立到运营再到公司解散清算这期间，公司章程都是有效力的。公司出资协议是在公司设立期间签订的，所以它的效力期间是从设立行为开始到公司成立为止。
四、公司章程与公司出资协议的性质不同
公司章程是要式法律文件，制定要求较高。《公司法》对章程的内容有明确规定，公司章程必须按《公司法》的规定制定。而公司出资协议一般是不要式法律文件，作为发起人之间的合同，主要根据发起人的意思表示形成，其内容更多地体现了发起人的意志和要求，就设立协之而言，需要遵守合同法的一般规则即可。
五、公司章程与公司出资协议的效力不同
当公司章程与公司出资协议发生冲突时，应该以公司章程为准。因为出资协议的存续期间到公司成立为止，意味着公司成立时，出资协议的效力就终止了。再者，出资协议时内部协议，除参与签署的股东之外，甚至公司董事、高级管理人员等可能都不知道其内容。而公司章程就不一样，它是公开文件，其目的是为了能让公司投资者、债权人、交易对象了解公司的组织与运行。还有就是公司章程的存续期间远远长于公司出资协议。最后，在司法实践中，当公司成功设立之后，当事人以出资协议为依据提起的民事诉讼，法院一般是不予支持的。所以，公司章程的效力高于公司出资协议。